日向崇の今現在！芸能界引退した？ウォーターボーイズに出てた？

春・4月・新学期、高校2年生になる坂口美咲は、父親の故郷である神奈川県横須賀市の私立横須賀向陽高等学校に転校してきた。美咲は吹奏楽部に入ろうとしていたが、部員が少なく、校歌もろくに演奏できない有様。新入生が一人も入部しなかったら廃部になるという事態だった。生徒会からも部費の無駄使いだと睨まれている。廃部寸前の吹奏楽部復活のため、残り少ない部員達で情熱を燃やす姿を描いていく。

西暦2002年。街では、人々が忽然と失踪する事件が連続発生していた。真相を追うネットニュース配信社の「OREジャーナル」に所属する見習い記者、城戸真司は失踪者の部屋を取材中、奇妙なカードデッキを発見。その力で仮面の戦士に変身してしまった真司は、鏡の中の世界に迷い込み、自分と同じような仮面の戦士がモンスターと戦う光景を目撃する。 命からがら現実世界に戻って来た真司は、もう1人の仮面の戦士である秋山蓮と、彼と行動を共にしている神崎優衣から、ミラーワールドとミラーモンスター、そして仮面ライダーの存在を知らされた。連続失踪事件はミラーモンスターによる捕食であり、仮面ライダーはミラーモンスターの力を使うことができる超人であった。ミラーモンスターから人々を守る決意をした真司もミラーモンスターと契約し、正式な仮面ライダー龍騎となった。 だが、仮面ライダーナイトこと蓮は、真司と共闘するどころか「龍騎を潰す」と告げて襲いかかってきた。仮面ライダーは全部で13人いるが、それぞれの目的のために、最後の1人になるまで戦わなければならない宿命にあったのだ。 真司はモンスターと戦いながらライダーバトルも止めようとするが、真司の願いとは裏腹にライダーバトルは繰り広げられていく。

シンクロに憧れ唯野高校水泳部に入部した進藤勘九郎（山田孝之）が高校最後の学園祭のシンクロ公演でリーダーに選ばれた。そこに、同じくシンクロに憧れている立松憲男（森山未來）が転校してくるも、シンクロ公演が突如中止されることに。さまざまな壁を乗り越えて夢のシンクロ公演実現へと向かってゆく。